Finančni instrument ISPA je bil vzpostavljen 21.7.1999 z Uredbo Sveta št. 1267/1999. V uredbi je določeno, da bo pomoč v okviru finančnega instrumenta ISPA prispevala k ciljem, ki so bili določeni v dokumentih "Partnerstvo za pristop" in "Državni program za prevzem pravnega reda Evropske unije". Program ISPA je namenjal pomoč za vzpostavitev primerljive kakovosti infrastrukture v državah kandidatkah in zagotavljal finančno pomoč za gradnjo transportne in okoljevarstvene infrastrukture. Skladno s tema dokumentoma sta Ministrstvo za promet in Ministrstvo za okolje, prostor in energijo pripravili Nacionalni ISPA strategiji za področje transporta in za področje okolja. Na osnovi kriterijev, ki so bili določeni v uredbi, je pripadlo Sloveniji od enega do dveh odstotkov (1-2%) celotnega proračuna finančnega instrumenta ISPA. Ta znesek se je delil med področji transporta in okolja v razmerju 50:50.

Po vstopu Slovenije v EU je projekt prešel v Kohezijski sklad.